Le baccalauréat en poche, Emmanuelle Bercot intègre l'École de danse Serge Alzetta, puis l'École du spectacle, où elle découvre avec émerveillement le théâtre. Elève au cours Florent, elle travaille bientôt sous la direction de Robert Hossein et Jean-Luc Tardieu. Après avoir raté le concours d'entrée au Conservatoire, elle est admise, alors qu'elle n'a pas encore de culture cinéphile, au concours de la Femis. Dans ce cadre, elle réalise le court-métrage Les Vacances, qui emporte le prix du jury à Cannes en 1997. Comme film de fin d'études, Emmanuelle Bercot tourne le moyen métrage La Puce, récit audacieux du dépucelage d'une adolescente par un homme mûr.
Menant, en pointillé, une carrière d'actrice (La Classe de neige (1998) de Claude Miller, Ca commence aujourd'hui (1999) de Bertrand Tavernier ou Une pour toutes (2000) de Claude Lelouch), Emmanuelle Bercot s'attribue le rôle principal de son premier long métrage, Clément (2003), celui d'une trentenaire transie d'amour pour un garçon de 13 ans. Cette œuvre à la fois pudique et dérangeante est présentée à Cannes en 2001 dans la section Un certain regard. En 2005, la cinéaste présente son deuxième film, Backstage, à la Mostra de Venise, et dans lequel elle continue d'explorer le mal-être adolescent, à travers la relation trouble qui unit une star de la chanson (Emmanuelle Seigner) à une jeune fan envahissante (Isild Le Besco). En 2009, elle dirige pour
Canal Plus Mes chères études, qui suit une étudiante contrainte de se prostituer pour subvenir à ses besoins. En 2011, Emmanuelle Bercot interprète le rôle de Sue Ellen dans Polisse de Maïwenn et tourne l'un des segments dans Les Infidèles, film à sketchs sur l'infidélité masculine et ses variations.
Filmographie de EMMANUELLE BERCOT